Ein Teil des Methans könnte durch anorganische Prozesse entstanden sein. Die ursprüngliche Kohlenstoffquelle der Erde waren die kosmischen Trümmer, aus denen der Planet entstand. Wenn Meteoriten repräsentativ für diese Trümmer sind, könnte der Kohlenstoff in vergleichsweise hohen Konzentrationen als Kohlenwasserstoffe zugeführt worden sein, wie sie beispielsweise in den kohlenstoffhaltigen Chondrit-Meteoriten zu finden sind. Möglicherweise kommt es zu einer kontinuierlichen Ausgasung dieser Kohlenwasserstoffe aus dem Erdinneren, und einige haben sich möglicherweise als abiogene Gasablagerungen angesammelt, ohne eine organische Phase durchlaufen zu haben. Im Falle einer großflächigen Ausgasung wäre das abiogene Gas jedoch wahrscheinlich zu diffus, um von kommerziellem Interesse zu sein. Signifikante Ansammlungen von anorganischem Methan wurden bisher noch nicht gefunden.
Das im Erdgas enthaltene Helium und ein Teil des Argons sind Produkte des natürlichen radioaktiven Zerfalls. Helium entsteht aus Radioisotopen des Thoriums und der Uranfamilie, und Argon entsteht aus Kalium. Es ist wahrscheinlich Zufall, dass Helium und Argon manchmal bei Erdgas vorkommen; Aller Wahrscheinlichkeit nach sind die nicht verwandten Gase einfach in derselben Falle gefangen.
